Peter (Tobey Maguire) est un petit gars mal dans sa peau.

Un jeune adolescent intelligent mais qui ne parvient pas à se faire accepter de ses camarades.

Il vit chez sa tante et son oncle et est secrètement amoureux de Mary Jane (Kirsten Dunst), sa voisine.

Un jour, lors d'une sortie scolaire dans un centre scientifique, une piqûre d'une des araignées de laboratoire va modifier le cours des choses.

Quelques heures plus tard, d'étranges transformations surviennent. Bientôt, le jeune homme complexé va se transformer en justicier malgré lui.